უნივერსიტეტის მთავარი სამეცნიერო-სტრუქტურულ ერთეულია კავკასიური ფილოსოფიისა და თეოლოგიის სამეცნიერო-კვლევითი არქივი. მისი მიზანია, ხელი შეუწყოს უნივერსიტეტის აკადემიური და კვლევითი პროცესის განვითარებას. არქივი აქვეყნებს სასწავლო-სამეცნიერო ნაშრომებსა და პერიოდულ გამოცემებს, ატარებს სამეცნიერო კონფერენციებს და ახორციელებს სხვადასხვა სახის ფუნდამენტურ კვლევებს ჰუმანიტარულ და სოციალურ მეცნიერებათა განხრით.